Stiamo parlando di concetti complessi ed ho il sospetto che in qualche caso ci siano incomprensioni. Mi sembra che quando parla di "autonomia del Governo" lei intenda "autonomia dai partiti". Gradirei una conferma se è così.
Poi certamente alcuni atti del Presidente non sono notarili, ad es. sulla concessione della Grazia esiste un precedente (con sentenza della Corte Cost.) che rende ben chiaro questo potere di iniziativa autonoma. Qui ho sbagliato io a non precisare il contesto.