Per i loro figli organizzò attività ricreative e doposcuola ma nel 1933, a seguito della nascita del Soccorso operaio svizzero, entrarono nel suo progetto anche le famiglie ebree in fuga dalle persecuzioni. Compenetrata nella storia del suo tempo, la Zoebeli giunse in Spagna, durante la guerra civile, in aiuto dei bambini rimasti soli. Fu costretta a fuggire in Francia dopo poche settimane ma si portò dietro, in una colonia sulla spiaggia di Sète, un centinaio di bambini. A Zurigo prese la laurea e si specializzò in pedagogia differenziale curativa, poi dal 1940 insegnò per quattro anni nella scuola dell’obbligo.

La sua storia fu caratterizzata sempre da un intenso attivismo anche durante tutta la seconda guerra mondiale. Fu tra coloro che aiutarono i partigiani italiani dell’Alta Val d’Ossola. Fra il 1944 e il 1945 giunse a Saint-Etienne per sostenere i cittadini francesi di quella regione mineraria, perfezionandosi sul campo come assistente sociale.Margherita Zoebeli arrivò in Italia, a Rimini, nel dicembre 1945 a capo di una équipe del Soccorso Operaio Svizzero, a seguito della richiesta del sindaco Arturo Clari. Qui creò una scuola materna e un centro sociale, il Centro Educativo Italo-Svizzero (CEIS): un vero e proprio villaggio per l’ infanzia, costruito con i fondi del Soccorso Operaio Svizzero, dotato di una scuola materna con 150 posti, di una “casa dei ragazzi” per 20 orfani e di un centro socio-assistenziale. Influenzata nella sua formazione dalla psicologia di Alfred Adler, che faceva leva sul diritto di ogni essere umano ad essere tutelato nel suo bisogno di espressione e di creatività, divenne un’ accesa sostenitrice dell’idea di una “libertà responsabile”, capace di far maturare nei ragazzi e nelle ragazze proprie regole di condotta. Il suo fu un metodo caratterizzato dal rifiuto di un insegnamento direttivo e frontale, di quelli che pretendevano di inquadrare i bambini in attività irregimentate e collettive. Una riflessione che si allargò agli insegnanti con i quali si pose il problema di far fronte a una scuola di stampo autoritario, quella che risentiva ancora della disciplina fascista, e che obbligava all’uniformità e all’obbedienza. Fu infatti formatrice alla pari con le sue colleghe: «Le maestre si fermavano a ragionare con me fino a tarda sera» […] Quando ripenso alle difficoltà delle giovani insegnanti che iniziarono a lavorare con me, provo un senso di grande imbarazzo e di rimorso perché non credo di aver potuto misurare in tutta la sua entità lo sconcerto che deve averle prese nei primi anni; io provenivo da un’altra realtà politica e sociale, mi ero formata all’Università sui metodi della scuola attiva…».

Agli inizi degli anni Settanta, la Zoebeli si trovò in procinto di abbandonare il progetto anche perché la generazione del ’68 non le risparmiò critiche. Al suo fianco però ebbe sempre i vecchi anarchici e socialisti che l’avevano sostenuta sin dall’inizio. Continuare non fu facile tanto che alla metà degli anni Settanta, il CEIS giunse quasi alla chiusura e, per evitarla, Margherita Zoebeli fu costretta a cedere la direzione del centro pur rimanendone l’ispiratrice.A 64 anni andò in Friuli, inviata dal Soccorso operaio, durante il terremoto del 1976: lì organizzò una scuola materna e si occupò dell’aggiornamento delle insegnanti. Mai stanca di mettersi al servizio dei più deboli, a 70 anni partì per il Nicaragua dove la sua convinzione che il riscatto degli ultimi passasse per l’istruzione la spinse a lavorare su un progetto di aggiornamento per gli insegnanti delle scuole speciali di quel Paese sconvolto da una lunga dittatura e mentre il governo sandinista era assediato dalle forze controrivoluzionarie (sostenute e armate dagli Usa).

La «professoressa dei bambini liberi», l’«educatrice d’ avanguardia», la «pedagogista creativa» si spense a 83 anni, a Rimini, il 25 febbraio 1996 proprio mentre la sua creatura compiva cinquant’anni.